木材出口程序相對繁瑣、嚴謹，只有特許地開發(fā)公司有資格向政府申請木材出口許可。其程序是：農(nóng)牧漁業(yè)部森林管理局局長根據(jù)洪森總理對公司特許地開發(fā)的批文及公司的申請，在實地審查了公司的開發(fā)計劃落實情況后，向農(nóng)牧漁業(yè)部部長呈遞相關報告，請求批準公司的木材出口申請；農(nóng)牧漁業(yè)部部長根據(jù)這份報告，向總理府分管副總理呈遞相關請示報告；總理府副總理審查全部的文件資料，符合批準要件，以總理府文件發(fā)出批準函；公司憑總理府批準函分別向商業(yè)部、財經(jīng)部、海關總局等相關部門申辦出口所必須手續(xù)。

總理府的批準函明確規(guī)定了出口木材的種類（只要是特許土地上收集到的木材，已經(jīng)依法納稅，其直徑或厚度在25厘米以下）、形態(tài)、出口口岸及有效時間等。

目前柬埔寨有很多人聲稱自己可以辦理木材出口事宜，其真實性大都值得懷疑。另外有一些人很肯定地聲稱柬埔寨木材不可以出口，這些人完全不懂特許地開發(fā)是怎樣的一個項目，也完全搞不懂柬埔寨的木材出口程序。

由于辦理出口手續(xù)的程序十分嚴謹，對公司的實際開發(fā)（與政府簽訂合同的履約程度）要求很高，一些公司不得不放棄出口計劃。另外一些特許地開發(fā)公司則忽略木材收益，選擇放棄木材資源的收集。還有的開發(fā)公司為了盡快獲得收益，在繳納資源稅后對木材進行簡單加工，以低廉的價格進行國內(nèi)銷售。

柬埔寨也有神通廣大的人通過特殊渠道將木材出口，這畢竟不是合法交易，容易發(fā)生問題。2007年就有中國大陸人、香港人、臺灣人因此而鋃鐺入獄或承受巨額經(jīng)濟損失。